Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat berdiri untuk mempertahankan kedaulatan Jawa. Pangeran Mangkubumi enggan tunduk pada perjanjian-perjanjian yang membuat kekuasaan kerajaan-kerajaan di Jawa semakin dibatasi. 

Perjanjian Giyanti adalah titik permulaan bagi Kasultanan Yogyakarta, Pangeran Mangkubumi diakui kedudukannya Sultan Hamengku Buwono I. Kasultanan Yogyakarta berkembang menjadi kerajaan yang dihormati, bangunan-bangunan yang indah dan megah didirikan oleh Hamengku Buwono I dan Hamengku Buwono II. 

Runtuhnya VOC dan meredupnya perdagangan rempah pada akhir abad ke-18, menandai era baru sejarah Yogyakarta. Otoritas perusahaan dagang digantikan oleh pemerintahan militer yang mencari cara baru mengeksploitasi sumber daya alam di Tanah Jawa. Konflik, pemberontakan, dan peperangan mewarnai sejarah Yogyakarta pada awal abad ke-19. Kewibawaan Keraton Yogyakarta terus terombang-ambing yang berpuncak pada Perang Jawa.